Какой набор инструментов должен быть у java-програмиста?

все остальное индивидуально и по вкусу или зависит от проекта

Извиняюсь возможно за тупой вопрос(только начал изучать програмирование), но что такое build system (maven/gradle) ?

maven.apache.org/what-is-maven.html

+ еще видимо "гуглить" ))

Насчет паттернов можно поспорить, а так всё верно.

Я так почитал и пришел к выводу что gradle получче чем maven, или это зависит от сложности и назначения програмы?

"Насчет паттернов можно поспорить, а так всё верно." нет, их надо знать 100%, хотя бы прочитать (кстати у Head First есть книга по паттернам на Java, в полне для начала пойдет). Другой вопрос нужно ли им следовать на все 100, я считаю нет и нужно в конкретно с случае все обдумывать дополнительно. Я виде разницу между начинающими знающими паттерны и нет, разница есть.
"Я так почитал и пришел к выводу что gradle получче чем maven, или это зависит от сложности и назначения програмы?" maven в свое время был единственной вменяемой системой управления зависимости и как следствие сейчас 99% используют его и скорее всего так и будут использовать по инерции, те если пойдете работать куда то то в большенстве случаев вы будете использовать мавен. На счет удобства "на вкус и цвет" но часть крупных проектов мигрировали на gradle (например hibernate, заготовка для android приложений).