Перечитайте заголовок своего вопроса и сам вопрос. Во-первых, вопроса как такого нет. Во-вторых, непонятно что не так :) Ну и много ненужных деталей.
Страница обновляется и параметры добавляются в url, т.к. у формы не задан action (url отправки формы), поэтому он выставляет его по-стандарту в текущий юрл. Ну и метод передачи GET делает свое дело - все параметры передаются через URL, так что поведение корректное.
В html коде формы пишете
<form action="<?=site_url('controller/action')?>" method="POST" name="myform">
...
В контроллере получаете данные:
$data = $this->input->post('myform');
// или
$data = $this->input->post_get('myform'); // в этом случае он сначала попытается найти данные в POST, а потом в GET
