Какие директории вносить в бэкап для debian-сервера на vps?

На vps крутится debian 7.4 wheezy. Из основного на нем openvpn сервер, apache с mysql. По webdav подключен Яндекс.Диск. Так как сервер настраивался в спешке и в расчете функционирования на короткий срок оказалось что нет ничего более постоянного чем временное. Соответственно на данный момент не очень понятно то там где и как установлено и настроено. Но пришло время настроить бэкап, так как сервер стал важным и от него уже нельзя отказаться. Подскажите, какие директории мне надо бэкапить что бы все гладко восстановилось на свежеустановленный сервер в случае аварии? Конкретно мне нужно раз в неделю заносить изменения в инкрементальный архив, который будет складываться в /home/user/YaDisk/backup/ (подключенный по webdav яндекс.диск) в архивах, который в случае аварии я просто смогу распаковать на свежеустановленный сервер. Проблема в том что я не знаю в какие директории вносились изменения.