Как в такой топологии настроить баланисировку по средствам eigrp?

Насколько я знаю он по умолчанию включен при настройке EIGRP. А стоит ли прописывать на интерфейсах ip load-share per-packet?

variance всё же придётся задать значение 2, чтобы второй маршрут тоже включился. А так как метрики отличаются несильно, то в случае traffic-share balanced балансировка будет 1:1. По умолчанию включен ip load-share per-destination, и если оба маршрута к одной сети, то всё пойдёт по одному и тому же пути. Поэтому ip load-share per-packet в таких случаях предпочтительнее, но надо смотреть как изменится нагрузка на процессор.

настроил variance на R1, R4 и R6, на всех eigrp интерфейсах настроил ip load-share per-destination, при этом начали появлятся несимметричные маршруты и перестал ходить tcp трафик.

Попробуйте ping по разным туннелям. Насколько отличается время прохождения пакетов? Если сильно, то из-за этого проблемы с TCP.
В логах что-нибудь есть? Я бы ещё попробовал в GNS протестировать схему.

@peronik время отклика колеблется от 600 до 800 мс, не думаю что это влияет, так как при отсутствии variance все работает хорошо, но нет балансировки. В логах чисто. В GNS все работает красиво.

А вот это читали:
www.opennet.ru/openforum/vsluhforumID6/18803.html

@peronik нет первый раз вижу. Но видимо проблема на мою. Думаю может стоит поковыряться в maximum-paths.