Как автоматизировать изменение ссылок на подключаемые библиотеки при компилировании?

Переформулируйте вопрос. Лучше с примером.

И встречный вопрос: в чем суть папок before-compiling и after-compiling?

Решение этой проблемы мне подсказали, как раз её сейчас решаю.
Суть вот какая - в папке до-компиляции хранятся файлы .coffee и ему подобные, которые нуждаются в компиляции. Компилируются они в папку после-компиляции, в которой принимают обычный вид. А из неё уже компилируются-прогоняются, через минификаторы и ему подобное и собираются в src.
Но это не правильно и мне уже подсказали, так-что директории сменили имена и предназначение. Но вопрос о правильной структуре у меня ещё полностью не закрыт, возможно позже задам.
Ну а смысл этого вопроса, был в том, что в папке после-компиляции index.html содержал подключенные библиотеки с путем, который в конечном варианте не подходил. Вот я и хотел его менять. И сначала я воспользовался gulp-replace, а потом уже и сам догадался и подсказали, что все библиотеки и файлы нужно в один сливать.
И вроде бы по мере продвижения, все само решилось.