Как организовать работу, при двух git-репах с разной файловой структурой?

Есть куча сайтов, на разных площадках с разной структурой. Есть свой тестовый сервер, где собирается вся эта портянка сайтов для develop режима так сказать. Все это добро правится и успешно deploy'ится на production. Хочется сделать одну структуру на тестовом сервере, а не под каждый проект дублировать папки и настраивать vhost.

С репами, имеется ввиду, есть спокойно лежащий bare реп.

@donflash как я понял из Вашего ответа - у вас есть пачка проектов в которых пересекается некая часть кода и которую хочется обновлять всюду?
Попробуйте git-scm.com/book/ru/%D0%98%D0%BD%D1%81%D1%82%D1%80...

@DmitriyEntelis Пересечений нет (код между собой не связан). Просто разная файловая структура.

@donflash на самом деле нихуя не понятно что у вас творится, опишите как можно более кратко задачу и условия.
Но вообще да, проще всего конечно использовать одну структуру директорий, а на тех машина, где никак не получается её поменять - сделать симлинки из неправильных мест на правильную структуру в гит репозитории.

@donflash я в целом плюсую к @evnuh про "не понятно". Если код между собой не связан вообще - я не понимаю уже вообще ничего. Есть классический подход к хранению кода: 1 проект = 1 репозиторий.
В репозитории есть дев и продакшен ветки, есть ветки под конкретные долгие истории - далее см git flow.
Что Вы хотите сделать и зачем - из Ваших сообщений не понятно.