Как узнать конец воспроизведения анимации flash и gif?

ох уж эти ротароры рекламы =)
можно сказать что никак без велосипедов
в случае с флешем - делать коллбек внутри баннера по окончанию анимации
в случае с гифами.... конвертировать гиф в последовательность кадров или спрайт и потом анимировать их тем же jquery

Задача очень специфическая.
В случае с флэшем - только через колбэки внутри самого swf, а в случае с gif можно посчитать количество кадров, и попробовать получить примерное время.
Есть библиотечка, которая может считать количество кадров, возможно, вам потребуется только вытащить этот код в отдельную функцию (избавив ее от ненужного функционала). Также Imagick (php) умеет считать количество кадров в gif.