Как сделать Submit form (html) GET с учетом htaccess location?

У Вас же наверняка в форме стоит просто action="".
Сделайте на JS, чтоб у формы атрибут action назначался динамически в зависимости от параметров и условий, как Вам надо.

$path = "http://example.com/index.php";
if (isset($_GET['name'])) header("Location: {$path}/{$_GET['name']}");
$url = basename(parse_url($_SERVER['REQUEST_URI'], PHP_URL_PATH));
// /index.php/test в переменной будет test
// парсит все, что идет после последнего слэша
// редирект не тестил