Вы правы это такое соглашение в рельсах, автолоадинг.
Например когда вы ссылаетесь на класс MyModule::MyClass то рельсы ищут my_module/my_class.rb во всех папках, указанных в config.autoload_paths и если файл найден то делают require.
По умолчанию в autoload_paths уже находятся все подкаталоги каталога app, то-есть в вашем случае config/application.rb править не нужно
