Как из php страницы вызвать из сервера vba скрипт передав какое-то значение?

Махинации должен произвести не с файлом, а с содержимым файла. Можно ли макрос сохранить в отдельном файле, и применять его к каждому загруженному файлу? А то у меня тут не получается...

Если вы хотите в php открыть файл как в ворде, то нет (вернее да, но что-то мне подсказывает, что вам данный способ не подойдет - вот почитайте habrahabr.ru/post/136999/). Если есть у вас какая-то программа, которая все это позволит запустить из командной строки, то ссылку чуть ранее как это запустить я уже дал.