Как я уже написал, вам надо перегенерировать ключи ssh. Сменить пароли.
Посмотреть lastlog кто и когда совершал вход в систему и подозрительные вещи проверить.
Проверить не добавлено ли в системы странных репозитореев, после этого проверить пакеты системы.
Често говоря как это делается в yum я не помню. Сильно рекомендуется установить систему против руткитов. На habre были несколько статей на эту тему, вот одна из них
habrahabr.ru/post/112789/.
P.S. Да , неплохо проверить cron, иногда некоторые админы оставляют не очень хорошие действие.
Например удалить что-либо через пора месяцев.
