Так же там есть фраза
"Каждый релиз для Capistrano — самостоятельная сущность. При очередном деплое происходит ее полная замена, поэтому ряд файлов необходимо хранить за пределами структуры приложения (как правило, загружаемый пользователями и генерируемый приложением контент, а также ряд конфигов).", по дефолу sqlite буду создается в папке ... (не помню) в рамках проекта. В первую очередь смотрите в эту сторону.
