Допустим есть папка назвается она "здесь" и находится опо адресу сайт/чтото/гдето/здесь
В папке "здесь" есть файлы. В том числе очень уязвимой программы. Как сделать так, чтобы не было возможно получить доступ к папкам находящимся выше папки "здесь" - а именно к папкам "чтото" "гдето" и "родительский каталог сайта"
Если я правильно понял задачу, то "уязвимую программу" кладем куда-нибудь в виртуалку, которую, не жалко, со своим веб-сервером, и транслируем запросы к ней курлом.
Но ответ очень приблизительный, поскольку кого от кого защищать надо, из вопроса совершенно неясно. Чувствуется, что и автор, и отвечатели с трудом отличают посетителя веб-сайта от учетной записи на сервере, под которой запускается веб-сервер.
