Могут ли пропасть данные при переходе c ubuntu 12.10 LTS на 14.10 LTS и как это делать правильно?

1) LTS означает долгосрочную поддержку, больше стабильность, и древние пакеты, что особенно сильно сказывается на производительности графики. Такая версия выпускается раз в два года, хоть бы погуглили. После 14.04 система предложит обновиться до 14.10

2) Из каталога /home ничего никуда деться не должно, и никогда не слышал, чтобы девалось. Приложения, установленные из стандартных репозиториев либо просто обновятся до версий доступных в новой версии Ubuntu, либо удалятся и их нужно будет поставить заново (настройки при этом останутся и подхватятся при повторной установке). С Apache2 скорее всего придется подправить конфиг, там некоторые незначительные изменения были при переходе с версии 2.2 на 2.4 (не помню какая версия у вас присутствует, я вообще уже репозитории на 15.04 сменил:)), но это не страшно.

И да, ubuntu 12.10 LTS НЕ СУЩЕСТВУЕТ В ПРИРОДЕ, есть просто 12.10

-1. как бы 12.04 LTS
0. Работает - не трогай (с) опыт -)
1. В LTS (версия с длительной поддержкой) предлагается по умолчанию обновиться до другой LTS, то есть без изменения, обновиться до 14.10 вам не предложат.
2. Делать резервную копию обязательно, а лучше еще и сделать образ диска (clonezilla)
3. По хорошему лучше поставить с нуля 14.04 и перенести настройки и документы. Раз в 3-4 года можно выделить время и переустановить Ос