Если я использую tor может ли мой ISP знать моё системное время?

Нет, даже если вы не используете тор и нахрена вашему провайдеру системное время вашего компа, в случае прихода запроса от органов он просто сопоставит всех кто использовал ТОР со своим временем в базе и таким образом выдаст статистику.