Как создаются крупные интернет проекты? Типа того же habrahabr?

Обычно, херак-херак и в продакшн. Постоянно "скоро перепишем" и "это в следующей итерации". А те, которые делаются по продуманным бизнес-планам с заранее привлеченным инвестициям, как правило, не доживают до релиза.

Вас никто и нигде не научит ни создавать крупные и успешные продукты, ни разрабатывать таковые. Ни даже клепать идеи.

Для начала нужна идея, потом начинается разработка, потом релиз и начинается раскрутка. То есть нам нужна идея, разработчики и деньги. Вопрос только в том как будет организована разработка и последующее сопровождение проекта. Аджайлы всякие, BDD и т.д.

Хабр написан на PHP, язык роли не играет особо.

хабр то вообще мелкий проект, в целом за неделю можно в одного написать на пхп + мускул