Как в команде работать с историе git ?

Момент номер 1.
Хэшкод коммита считается с учетом текста коммита и реквезитов автора и хэшкоды предыдущего. Отсюда вывод, что их изменить без изменения всего древа коммитов пулреквесте нельзя.

Выход тут только один - ребейзить вашу ветку со всеми вытекающими и повторно отправлять.

Если вы делали мёрджи из mainline в свою ветку и все они проходили без конфликтов, то вашу задачу решит
git rebase --interactive --preserve-merges ...
(только не переупорядочивайте коммиты - см. BUGS).
Если же были конфликты, да и вообще правильнее, делать git filter-branch, например:

git filter-branch --env-filter 'export GIT_AUTHOR_NAME="New Author Name"' --msg-filter 'if [ "$GIT_COMMIT" = "339167af5c274dedd5efcf93f83f4bfc4acb9eba" ]; then echo "new commit message"; else cat; fi' -- mainline_branch_name..your_branch_name