Почему в IE9 и в старой Opera на сайте ссылки не жмутся?

Пользуются :)
Всю страницу для Оперы закрывает <div id="openModal" class="modalDialog"> и <div class="userPanel">. Оба в глазах Оперы находятся поверх всего сайта и имеются display: block. Маскировка под Firefox ничего не даст - это "особенность" вёрстки. Можно писать userscript, который переопределит поведение элементов сайта, но, к сожалению, стоит признать, что сайтов, которые некорректно работают в 12-й опере будет становиться всё больше.

Доля IE9 и Opera 12.x стремительно падает - это одна из причин.
Другая причина заключается в том, что эти браузеры не поддерживают (либо не очень хорошо поддерживают) современный HTML5.
Если взять например сложные анимации, то в IE9 их вообще не будет, а Опера их хоть и покажет, но с приличными тормозами. По этому, многие новые проекты, которые разрабатываются сегодня, начинают игнорировать эти старые браузеры.