Что лучше выбрать для разработок?

С точки зрения мимокрокодила - берите Java. Больше примеров, меньше заморочек.

Почитайте habrahabr.ru/post/203014 так как NDK рекомендуется используется не всегда, т.е. зависит от того что вы будете разрабатывать.

Не очень понятен сам вопрос. Есть необходимось в нативном коде - будете писать библиотеки на С++ c jni, нет такой необходимости - не будете. Так или иначе sdk у вас должен быть, приложение для андроид - это скомпиленный java код и (возможно) какие то динамические библиотеки. Даже в вырожденных случаях, типа NativeActivity и чисто c++ разработки вам понадобится sdk.
Так что - sdk, ndk и IDE какую-нибудь, если привыкли, Idea (она же Android Studio), Eclipse+ADT, любой текстовый редактор... Если хотите собирать ant'ом и экспортировать эклипсовые проекты - берите большую идею, а не студию. Если работаете с gradle - можно студию. Если много нативного C++ кода и хотите общую экосистему - эклипс.

Ну и если "одинаково хорошо" знаете и то и другое, то должны понимать, далеко не весь Android API пропихнут в jni.