Flask-admin при редиректах меняет url как исправить?

Если изменить настройки Apache нельзя, например, хостинг не предоставляет такой возможности, то можно воспользоваться промежуточным приложением WSGI для удаления yourapplication.fcgi из URL.
Настройте .htaccess:

<IfModule mod_fcgid.c>
   AddHandler fcgid-script .fcgi
   <Files ~ (\.fcgi)>
       SetHandler fcgid-script
       Options +FollowSymLinks +ExecCGI
   </Files>
</IfModule>

<IfModule mod_rewrite.c>
   Options +FollowSymlinks
   RewriteEngine On
   RewriteBase /
   RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
   RewriteRule ^(.*)$ cgi-bin/flask-wrapper.fcgi/$1 [QSA,L]
</IfModule>

Теперь настроим flask-wrapper.fcgi:

#!/home/profel/python/bin/python
# -*- coding: utf-8 -*-
import sys, os
reload(sys)
sys.setdefaultencoding('utf8')

sys.path.insert(0, ' /home/profel/site/')

from flup.server.fcgi import WSGIServer
from app import app

class ScriptNameStripper(object):
   def __init__(self, app):
       self.app = app

   def __call__(self, environ, start_response):
       environ['SCRIPT_NAME'] = ''
       return self.app(environ, start_response)

app = ScriptNameStripper(app)

if __name__ == '__main__':
    WSGIServer(app).run()

import sys, os
reload(sys)
sys.setdefaultencoding('utf8')