Куда ложить.po и.mo файлы русификации в Wordpress?

Туда же. Назвать ru_RU.po и ru_RU.mo
Если оно так не заработает (с некоторыми темами бывает) и двуязычие не нужно, просто замените оригинальные файлы английского языка (т.е. назовите перевод en_US.po и en_US.mo и поместите в эту папку).

Попробуйте переместить из папки languages темы, в
/wp-content/languages/themes/название_темы-ru_RU.po,
/wp-content/languages/themes/название_темы-ru_RU.mo

Например, для темы Twenty Thirteen будет два файла в /wp-content/languages/themes/

twentythirteen-ru_RU.po
twentythirteen-ru_RU.mo

codex.wordpress.org/Function_Reference/load_textdomain
<?php load_textdomain( 'theme_name', TEMPLATEPATH . '/path/to/mofile/ru_RU.mo' ); ?>

Этой функцией вы явно задаёте какой именно файл тема будет подгружать в качестве перевода. Файл lang.mo должен быть предварительно сгенерирован из файла *.po, который в свою очередь создаётся в программе poedit или аналогичной.

/wp-content/languages/themes/ - это стандартные файлы. В принципе, можна и свои туда подгружать, но это неудобно - нужно отдельно установить тему, а потом отдельно зугразить файлы перевода. Поэтому все разработчики в свои темы включают сразу файлы перевода и подгружают через load_textdomain, после чего сами переводы в теме доступны с помощью функций:
_e('textdomain', 'translate_string') - отдаём сразу на вывод
$my_string = __('textdomain', 'translate_string') - записываем перевод в переменную