Можно ли использовать БД внутри программы (java) как её модуль?

А ещё SQLite.

Можно. Смотрите в сторону H2 и HSQLDB

Можно еще посмотреть в сторону враппера для LevelDB

А еще есть apache derby. Достаточно мощная sql-база данных (инмемори, клиент/сервер, стандалоне, коча плюшек), очень похожа на DB2 от фирмы интернациональных бизнесмашин, собственно это ее разработка, кажется, и есть. Как бонус, она присутствует в полном объеме в JDK (тадам!). db.apache.org/derby/quick_start.html оригинал и JDK www.oracle.com/technetwork/java/javadb/overview/in...