Какой интерфейс выбрать для управления микроконтроллером с компьютера?

Первый вариант более надежен тем, что не касается "сетевых" проблем. Кроме того, ежели вопрос стоит только в управлении реле пока компьютер работает - можно и одной FT232 обойтись. Автопоиск порта - это где-то полтора экрана исходника на C++.

Bluetooth - еще лучше, так как не приводит к опутыванию ноутбука проводами. Модуль HC-05 (Bluetooth<->UART) достаточно распространен.

если уж совсем простые команды включить-выключить реле, можно также взять какой-нибудь промышленный модуль типа google: "Ethernet to GPIO", и ногами его в микроконтроллер... Промышленный глючить будет меньше. Если "WiFi to GPIO", то это почти то же самое, что упомянутый радиомост WiFi UART TTL.

но будьте внимательны: как только Вы переступаете провода и уходите в радиоэфир (Bluetooth, WiFi - не важно), очень внимательно относитесь к безопасности. Запирайте WiFi на WPA2-AES (без WPS), не оставляйте на потом. В следующие 5 лет (и дальше, наверное) "Интернет вещей" породит очень много веселых уязвимостей...

а что за зверь "радиомост RS232"? Что-то вроде флешки с передатчиком на 433 МГц?

Еще мысль - использовать аудиовыход на наушники. Не динамики+микрофон, а проводное подключение. Программа генерит (или воспроизводит) заданные звуки или щелчки, контроллер их распознает. С точки зрения пользователя вообще просто - воткнуть и работает, никаких драйверов. Только вот такого модуля что-то не встречалось.