Можно ли скрыть файл на ftp для определнных пользователей?

Не давайте пользователю доступ к папке где лежит этот файл.

chmod

Для виртуального хостинга единственный вариант "сокрытия" файла - его шифрование, т.е. закройте нужный Вам файл ionCube или Zend Encoder.

Если бы был доступ к консоли, т.е. минимум VDS, можно было бы с правами чуть пошаманить, но раз его нет, описывать этот способ не буду.

UPD:
Для начала напишите в поддержку Вашего хостинг-провайдера и спросите стоит ли у них на хостинге ionCude(или Zend) Loader. Суть этого шифрования - кодирование текстового скрипта в байт-код, т.е. открывая файл в текстовом редакторе Вы будите видеть какой-то бессмысленный набор символов, однако для PHP это будет по прежнему осмысленный код. Википедия про Zend на этот счет говорит:

Zend Guard — позволяет закодировать скрипт в байт-код, который потом можно использовать точно также как и обычный, за исключением возможности его отредактировать. Предназначено для защиты интересов и интеллектуальной собственности разработчика. Для работы таких скриптов обязательно нужен Zend Optimizer

ionCude делает примерно тоже самое. К вопросу что лучше?! Я сам больше симпотизирую Zend, т.к. некогда достаточно активно работал с их инструментами. ionCude не могу сказать лучше или хуже, потому что с ним почти не сталкивался.
В сети ZendEncoder давно уже на торрентах лежит, однако у ionCube на сайте я видел форму онлайн-шифрования. Так что решай сам что тебе больше нравится. Оба решения с поставленной тобой задачей справятся.

Единственный вариант - выдать права доступа на файл так, чтобы ни юзер, ни скрипты, загруженные в папку, не могли его прочитать. Если юзер может залить скрипт и прочитать через него - смысла в защите ноль.