Как вызвать document.querySelectorAll.apply?

Ну и правильно. Вы его пытаетесь вызвать в контексте какого-то массива, а ему хочется чтоб это был doсument. Да еще без аргументов, кому такое понравится.
Рискну предположить, что вы хотите document.querySelectorAll.apply(document, args). Без знания, что у вас в этом массивчике, могу ошибаться.