Как удалить внешние элементы управления yandex maps API?

При создании карты в options есть поле controls — массив с именами возможных слоёв управления.

var myMap = new ymaps.Map('map', {
		center: [55.74954, 37.621587],
		zoom: 10,
		controls: []
	});

Просто указываете пустой массив — никаких элементов управления не будет. При желании можно вписать названия. Узнать их имена можно вот здесь.