Софт ставится не на системный диск, а в определённые директории, чтобы потом было понятно где его искать. В каждом устанавливаемом пакете прописывается перечень всех файлов, куда их положить, и когда пакет будет удалён - всё подчистую уберется, не будет у вас мусора как в Program files обычно случается в Windows.
Такой слегка кривоватой штуки как буквы дисков здесь нет, есть точка монтирования, каждый раздел можно примонтировать в одно или несколько мест.
Например, многие программы кладут файлы в /usr/lib, так вот вы можете создать раздел, и указать точкой монтирования /usr/lib либо даже /usr (это можно сделать при установке, либо позже с загрузочного диска ибо система не позволит вам по живому такое поменять, а нужно будет вернуть на место файлы которые там уже присутствуют).
Для этого нужно создать раздел + дополнительную запись в /etc/fstab файле. Для примера там уже должна быть корневая файловая система, монтируется в /. Как именно прописывать эти записи найти в сети не сложно. Потом переместить существующие файлы куда-то, смонтировать раздел куда решили, и вернуть на место всё файлы, после этого перезагрузиться в систему и смотреть что получилось.
Так же можно монтировать раздел в одно место, а потом смонтировать через bind его директорию в другое место. В общем, ищите по опциям монтирования, там не очень сложно.
