Я думаю, что нельзя, потому что загрузчик там один и он затрется.
Я так понимаю, что программы эти низкоуровневые и они загружаются с флэшки, как с загрузочной, верно? Работают без ОС, так? так вот, дистрибутив линукс затрет mbr запись, я считаю.
Возможно, можно как-то их подружить, используя grub какой, но это не простая задача в два клика. Надо быть технически подкованным для решения этой задачи. ПОэтому в теории то возможно, но сложно, поэтому мой ответ "нет", если речь идет о записи на флэшку образа без боли.
Простой