Разница между system.web.httputility и system.net.webutility?

Функционал был востребован не только в web приложениях вот его и перенесли в библиотеку общего назначения (не подключать же сборку для веба только для того чтобы воспользоваться малой его частью). Т.к. у мс взято за правило по возможности оставлять обратную совместимость то они ничего не сделали с предыдущей реализацией. Используйте то что вам рекомендует msdn