Имеет ли смысл разделять данные пользователей в SaaS сервисе по отдельным БД?

при регистрации генерировать отдельную БД?

Жесть! Ни в коем случае!

Аккаунтов будет порядка сотен, количество записей в таблицах для одного пользователя - порядка десятков тысяч.

Это даже не хайлоад! Я бы понял, если бы речь шла про десятки и сотни миллионов записей в таблице.

Разделение юзеров по разным базам - это Шардинг в MySql. Но все кластеры должны быть готовы и базы при регистрации генерироваться не должны! Вам он не потребуется, так что не заморачивайтесь!

да

По моему вам нужно учить MySQL и понятия нормализации. Что значит у пользователей не будет общих данных? А логин и пароль? А почта? А аватарки? ... Может вам стоит еще раз подумать? Внимательно подумать? Просто с ходу уже понятно что все можно решить одной БД, и уже как сказал Игорь оптимизировать только когда количество пользователей будет 5000+ до этого момента все будет хорошо если все грамотно разместите.