А кто же его знает?
Могу подсказать путь для исследования проблемы: создайте тестовый PDF, как можно проще, в Prawn. Пара прямоугольников и буква, например. Откройте его в Illustrator, приведите в чувство (если он выглядит неверно), сохраните (используя настройки той же версии PDF), сравните исходный и получившийся, найдите разницу.
Illustrator и Acrobat содержат "референсный" код работы с PDF, так что если что-то создано вне их, и в них выглядит не так, как должно, это означает ошибку в том софте (или в его настройках, что вероятнее), где PDF создан, а не в Illustrator.
Здесь, смею предположить, применен какой-то кривой цветовой профиль, либо применен он правильно, но неправильно указан.
Простой
