Как вручную удалить addon domain на CentOS?

для валидного удаления вам потреюуетя.
1. удалить соответвтвующую запись днс, а конкретно А запись данного поддомена, если она у вас тоже не удаляется то вам в /etc/named помоему на с панели стоит именно он смотрите по конфигам где че леит.
2. вам нужно удалить запись в apache вернее httpd и ищите ее в папке /etc/httpd можно рекурсивно в mc для простоты или же

find /etc/httpd -type f  | grep -l "ваш домен" {} \;

както так.
3. после этого вам нужно зайти в бд самой панели и удалить эту запись уже в sql иначе она может быть сгенерироваана повторно.

Посмотрите в директории /etc/httpd/conf.d/. Там в виде отдельного файла настройки поддомена могут хранится или в каком-нибудь из существующих. Я на CentOS 7 там все домены и поддомены храню.