Как безопасно передать ssh ключ?

Я бы бил админа за такое палкой

Речь идет об автоматизации. "ключ и пасфразу должен сгенерить сам юзер и передать вам публичный ключ" - это решает проблему с защитой секретного ключа, но как тогда удостовериться, что это не злоумышленник подсовывает скрипту свой публичный ключ? Это без труда можно проверить вручную, но тогда речь уже не идет об автоматизации.

P.S. речь идет о ключах ssh. Если они генерируются на сервере скриптом от рута, то предполагать их компрометацию можно только при условии, что скомпрометирован сам сервер (у злоумышленника есть рут). Т.е. чтобы воспользоваться порочностью системы и получить доступ на сервер, нужно сначала получить рут.
P.P.S. Принципиально, я с Вами согласен. Это с точки зрения безопасности это решение добавляет возможную точку уязвимости. Но возможность её эксплуатации - под вопросом.

udereg: Сколько человек у вас имеет доступ на этот сервер для генерации ключей?

2 - я и хозяин проекта. Он не злоупотребляет полномочиями. И, я думаю, не заинтересован с сливе.

udereg: Для того, чтобы удостовериться, что с просьбой подписать ключ обращается не злоумышленник, нужна идентификация и аутентификация. Желательно лично либо используйте методы строгой аутентификации.