IDE для разработки под микроконтроллеры?

Выбор целиком и полностью зависит от того, с какими контроллерами предстоит работать.
К примеру, у Texas instruments есть CodeComposer - жуткая (во всяком случае, в старых версиях) штука, которая ещё и стоит немалых денег.

У Atmel есть AtmelStudio - для архитектур AVR и ARM. Как легко догадаться, заточена под контроллеры самого Atmel. Среда хорошая и бесплатная, хотя довольно задумчивая и тяжеловесная.

Под архитектуру ARM есть Keil - потрясающая штука с кучей возможностей и удобным интерфейсом. Что особенно приятно, для проектов меньше 32 Кб использовать её можно совершенно бесплатно. Я бы рекомендовал именно её.

Для семейства Cortex есть ещё бесплатный CooCox - тоже весьма славная и относительно лёгкая штука.

А если работать предстоит с STM32, то нельзя не упомянуть о шикарном инструменте CubeMX - это не среда разработки, а генератор кода инициализации. Существенно упрощает жизнь.