Как правильно подключать javascript и дополнительные стили к wordpress?

Запомните несколько простых правил.

1. Никогда не используйте jQuery из стороннего источника (например, Google CDN). НИКОГДА. И другие библиотеки тоже. Кроме того, чаще всего не нужно jQuery грузить принудительно, достаточно для своего кастомного скрипта указать аргументом dependency значение array( 'jquery' ).
2. Скрипты и стили подключаются ТОЛЬКО через функции wp_register_style() / wp_register_script() и wp_enqueue_style() / wp_enqueue_script(), вызов функций группируется в одну функцию, которая вешается на соответствующие хуки. Как правильно делать - написано в документации.
3. Не обязательно подключать все вручную. Если вы правильно зарегистрировали ваши скрипты и стили (функциями wp_register_*), то можете просто подгрузить только один свой кастомный срипт (main.js например), а к нему все остальные указать в виде зависимостей (как и jQuery в п.1). Кроме того, можно (и нужно) подключать скрипты и стили только там, где они нужны. Например, если слайдер у вас только на главной, оберните его подгрузку в if( is_home() ).
4. На продакшне убирайте ?xxx (версии скриптов и стилей), используйте плагин типа WP Better Minify для минификации и конкатенации скриптов и стилей.

Кажется все.

CSS: прописать в файле функций вашего шаблона wp_enqueue_style( 'FILENAME', get_template_directory_uri() . '/css/FILENAME.css' );

JS: прописать в файле функций вашего шаблона wp_enqueue_script( 'FILENAME ', get_template_directory_uri() . '/js/FILENAME.js', array( 'jquery' )

FILENAME замени на свои имена файлов.