Движки совершенно разные и использовать их нужно в разных ситуациях.
Для выбора нужно как минимум определить, чего будет больше ?
INSERT/UPDATE/DELETE vs SELECT
MyISAM при изменение данных блокирует таблицу целиком, при этом любой SELECT будет ожидать когда операция будет завершена. В InnodDB используется метод по строчной блокировки.
Т.е. если будет больше вставок то InnodDB выигрывает за счет по строчной блокировке (погугли InnoDB MVCC) если будет больше выборки то MyISAM может использовать КЕШ запросов и тут будет заметный выигрыш.
Это лишь часть нюансов, так же следует помнить о настройках самого MySQL.
