Может кто подскажет команда /etc/init.d/php5-fpm restart не работает?

а service php5-fpm restart работает

Потому что так и должно быть, специально для вас сделали команду, которая прячет различия в init системах (учитывая то, что вы даже версию Ubuntu не указали, что очень важно).

Используйте каноничное service и не морочьте голову.
При желании почитайте какие init системы бывают, где у них конфиги и форматы этих конфигов после вопрос отпадет сам собой.

добавить -x в баш скрипт для вывода отладочно инфы

sudo apt-get --reinstall install php5-common php5-fpm а потом должно нормально работать

Потому что /etc/init.d/ давно депрекейтед и может быть просто выброшен, сохраняется для исторической совместимости.
Используйте service.