Как выбрать автоматический генератор документации?

Я бы от себя еще мог порекомендовать ngdocs. Особенно учитывая что у вас angular. Поддерживает по моему почти все что есть в jsdoc. У себя настраивал генерация документации через gulp.

Использовал это usejsdoc.org

Добрый день, при выборе подобных технологий надо руководствоваться, тем что, если что-то заглючит сможете ли Вы сами это поправить или попросить помощи у сообщества. Кто бы не ругал Сфинкс за его косяки с кириллицей и т.п., как мне кажется у Сфинкса самое большое сообщество, тем более что он более всего известен в нашей среде. + надо понимать, что через N-лет что-то может умереть, а я думаю, что Сфинкс ещё 3-5 лет протянет.

Советую посмотреть в сторону понятия доменов в Sphinx. В частности, есть такой пост: https://blog.safaribooksonline.com/2013/04/23/docu...