Что лучше использовать для древовидной структуры данных?

Выбор сильно зависит от операций (выборка, фильтрация, вставка, удаление), которые вы будете выполнять с данными.

Сергей: будет древовидная таблица с товарами и категориями товаров, и ещё одна таблица, в которой будут цены на эти товары у разных производителей.
То есть, например, в первой таблице есть товар с ID=5, каким-то именем, описанием и т. д.
Во второй таблице есть запись с ID=0, ID_производителя=42, ID_товара=5, цена=$5
И есть ещё одна запись с ID=1, ID_производителя=666, ID_товара=5, цена=$4.5
Ну и ещё таблица производителей.
На стороне клиента должна быть возможность просмотреть всё дерево товаров и категорий, выбрать какой-то товар и посмотреть список цен на этот вид товара от разных производителей.
Вроде понятно объяснил более-менее :)

NoSQL проблематична поддержка целостности и каталог должен быть разумного размера.
SQL имеет 3 варианта:
фишки типа nested sets - привязка к конкретной СУБД, но решает большинство проблем
хранить родитель-дети (PK-FK) - удобно добавлять, удалять, перемещать узлы и поддерево, удобно выбирать прямых потомков узла, но при выборе и/или фильтрации ветви неизвестная глубина доставляет проблемы.
хранить level + order - быстрые, удобные выборки/фильтрация без объединений но определённые проблемы с добавлением, удалением и перемещением.