Какой вариант изучения C++ выбрать?

Во-первых conio.h и process.h это Си, а не С++
Во-вторых они ниразу не из стандартной библиотеки
В-третьих в линуксе как бы всё немного подругому, и поэтому стоит получше изучить стандартную библиотеку.

В изучении никакой разницы нет, дополнительные библиотеки (Boost, Qt, etc ...) тебе вряд ли на этом этапе понадобятся, стандартных хватит с головой. На каждой ОС для работы с потоками/процессорами будешь юзать соответсвующее айпи: для windows из process.h, для *nix из pthread.h и т.д. Так что разницы нет, если планируешь в будущем программировать на какой-то определенной ОС, то выбирай ее для экспериментов

conio.h
It is not part of the C standard library or ISO C, nor is it defined by POSIX.