При установке гита нужно выбирать "Run Git from the Windows Command Prompt". Эта опция просто добавляет путь до гита в системную переменную PATH.
Пропишите вручную. При установке вышеуказанным способом, в переменную прописывается путь до <git-path>/cmd. После добавления, перезапустите cmd.
А вот например в том же PHPStorm, тем более в 9, GitHub прекрасно работает, а что делать тем, кто использует BitBucket? Плагин для BB сильно устаревший и нерабочий.
