Конфликт мог произойти не только из-за содержимого файла, но и в метаданных.
Например, если файл закоммитили под виндой, то там как правило права у файлов 777.
Вы можете получить конфликт под линуксом, в котором права могут сильно варьироваться (типовое использование 755).
Тоже касается чувствительности регистра. На некоторых файловых системах есть проблемы с кодировками. Например MacOS некоторые буквы пишет не так как это делает Linux.
Некоторые проблемы можно исправить в гит, например игнорировать права или окончания строк.
Другие проблемы придётся решать нестандартно, например переезжать на другую ФС.
