Где компромисс лицензии и минифицирования?

a какие проблемы?
cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/twitter-bootstrap/3...
cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/jquery/3.0.0-alpha1...
cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/angular.js/1.4.3/an...

как видите минификация и копирайты отлично уживаются вместе.

Большинство JS библиотек, которыми я пользовался, используют либо MIT (Bootstrap, jQuery, colorbox, Handlebars.js, Magnigic popup, Sortable.js, Masonry, Squire, и множество либ на Node.js: gulp, grunt, grunticon), либо BSD (таких поменьше; Django, но это не ваш случай). А в них речи про обязательное сохранение комментариев или изначального вида не идёт вовсе. Более того, в BSD говорится, что "разрешается распространение бинарников или сорца с модификациями или без них при условии...". Единственное условие - прилагать текст лицензий, которые иногда как раз и помещают в комменратий. Однако, такого требования нет.

В итоге, наверное можно сказать, что вы вправе минифицировать jQuery и иже с ними, как угодно, главное - прилагать текст лицензии (класть файлик рядом с кодом).

licenseit.ru/wiki/index.php/MIT_License
https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9B%D0%B8%D1%86%D...