Стоит ли обновляться c ESXi 4.0 до ESXi 6.0?

Обновляться стоит.
Производительность не упадет, а только повысится. К тому же, будут исправлены старые баги и добавлены новые фичи. У самого в продакшене один сервер на 6.0, нормально работает.
На ESXi 5.5 было несколько мелких, но неприятных косяков, которые решились только обновлением на 6.0
Так как у Вас одиночный сервер, то вообще переживать не стоит. Сложно целую инфраструктуру обновлять с сотней виртуалок, а один сервер за вечер сделаете.