Как хранить бинарные значения?

Ну раз два байта надо, двухбайтовый тип и выбирайте - а нули и единицы это ((x shift n) mod 2) в коде приложения. SMALLINT должен подойдти вам идеально.
BLOB не советую, это overkill для вашей задачи - в блобе как минимум длина храниться должна, а это уже 4 байта (если не 8, точно не могу сказать), плюс зачем вам вообще тип переменной длины, если у вас точно 2 байта.
Представление ноликами и единицами - это именно представление, во многих языках сейчас даже бинарные литералы есть.