Как реализовать передачу данных с одного МК на другой через Интернет?

GPRS канал и реалтайм понятия противоположные,
чем вас стандартные решения XBee и nRF24?
которые легко подключаются и библиотек и примеров тьма

Зачем тут web сервер? простой TCP, но все ровно надо будет разбираться со стеком IP.
Еще нужно учесть, что IP в мобильных сетях серые, т.е к нему не подключится с Интернета, правда как дополнительная услуга часто предоставляется белый IP, но, кажется, только в 3G сетях.
Возможно, проще будет сервер разместить на обычном хостинге, а клиенты - мк через него чтоб обмен вели.
Ну а вместо модема - готовый GSM модуль. очень дешево.
www.aliexpress.com/wholesale?catId=0&initiative_id...

Если нужна видео трансляция, то о GPRS забудьте. Это к 3G.

Про более изящные решения Вам уже посоветовали. В общем же, присоединяюсь к mortal.
Так же, очень правильный вопрос задал Fixid - какой ширины поток планируете передавать между коптером и пультом.
Собственно, GPRS - это минимальная задержка от 50мс и выше.
Сеть 2G в режиме GPRS не очень производительна. Вики говорит о скорости до 171,2 кбит/c (в теории). Так что...
WiFi канал - наиболее оптимальный вариант. В зависимости от протокола, может работать от 1-2Мбит/с до 150+Мбит/с. И, в зависимости от контроллера, который будет работать уже за WiFi чипом.
Как вариант проще - с односторонним управлением, можете использовать приёмопередатчики на 315/433МГц, но этого лучше не делать и использовать более высокочастотные диапазоны, например, 914МГц.
Для двусторонней связи, лучше остановиться на WiFi.
Да замучатьт тот же ESPxx/nRF24.