Как запустить приложение у пользователя по ссылке с параметрами?

Если речь о первом запуске приложения то как уже сказали так сделать не выйдет, не позволят всяческие защитные механизмы, даже приложенный батник запустится только если вы ему разрешите запуститься. Если же программа уже установлена, то можно зарегистрировать для нее кастомный протокол, тогда в письме достаточно будет поставить ссылку вроде "mysupersoft:blablablaparametr", и клик по такой ссылке приведет к запуску вашего приложения с передачей ему параметра blablablaparametr.