Можно ли делать веб-дизайны в aillustrator?

Можно делать дизайны и в паинт, все зависит от того кто эти дизайны делает.

А по делу. Мне гораздо удобнее делать прототип и дизайн с помощью AI.
Минимальные переделки на прототип -> дизайн -> верстка.

Можно ли делать веб-дизайны в illustrator? И будут ли они отличаться от фотошопа дизайны?

Конечно можно, говорят, что даже удобнее. Ещё в 12 году на хабре выходила статья на эту тему. Я тогда что-то не очень вдохновился, а после относительно недавнего обновления фотошопа, которое добавило артборды и удобные направляющие и вовсе передумал полностью переходить в люстру.

Решил в итоге делать сами макеты в фотошопе, а иконки и иллюстрации в люстре (в этом плане она намного удобнее).

Можно и нужно. В люстре есть очень много полезных фишек, в отличии от фотошопа.
Но всю растровую графику лучше предварительно редактировать в фотошопе.

Извечная дилемма ))
Я делаю и в Иллюстраторе и в Фотошопе. По настроению. Особенно с выходом СС 2015 макеты стало удобно делать и там и тут (особенно в плане артбордов). В обоих программах где-то что-то лучше, а где-то - хуже. На всё это давно придумали кучу лайфхаков, так что разницы особой нет. Самый большой плюс иллюстратора - это работа с текстом, имхо. Хотя индизайн ещё круче. Но и в фотошопе можно задавать стили текста и параграфа, но я не пользуюсь особо.