Вы просто добавили ключ в список доверенных, ничего никуда не переключалось. Этот ключ используется для цифровой подписи MongoDB пакетов. Чтобы ваш менеджер пакетов знал что пакет был получен в целости и именно от владельца ключа вам и нужно добавить ключ себе в список известных, которым вы доверяете.
Хотя да, это не мешает разработчикам MongoDB засунуть левые пакеты в свой репозиторий и что-то сломать, но тут уже вопрос доверия к владельцу репозитория.
Обычно после указанной команды идет команда на непосредственное добавление репозитория, потом обновление списка известных пакетов, учитывая новые из добавленного репозитория, потом либо обновление пакетов (если в репозитории просто более новые версии существующих), либо установка новых появившихся из добавленного репозитория.
