andLinux и coLinux - это два проекта, позволяющие запускать линуксовые программы в виндовсе прозрачно, так что даже не видно будет что это не виндовая программа.
UPDATE для потомков: до полного счастья можно также ручками и напильником с cygwin (
https://ru.wikipedia.org/wiki/Cygwin) потратить n времени, чтобы получить свое поделие подобного функционала но неизвестной степени корявости, а также поглядеть еще проект portable ubuntu remix:
sourceforge.net/projects/portableubuntu
Лично мне удобен andLinux, где немного повозившись можно и гномовые и кдешные приложения запускать(и GTK и Qt!).
